1. تداوم پدیده خشکسالی و کاهش منابع آبی
2. آلودگی زیست محیطی کارخانه ها و اثرات مخرب بر روند تولید محصولات کشاورزی
3. از دست دادن بازار جهانی
4. بیوتروریسم کشاورزی و بروز عوامل باز پدید و نوپدید
5. استفاده بی رویه از کودها و سموم شیمیایی و به خطر انداختن سلامت جامعه
6. کمبود سرمایه گذاری در بخش مکانیزاسیون کشاورزی
7. عدم توازن منطقی بین قیمت محصولات کشاورزی و قیمت نهاده ها
8. ضایعات در فرآیند تولید و فرآوری محصولات دامی
9. کاربری های غیر مجاز اراضی زراعی و باغی
10. تصرفات غیرمجاز اراضی دولتی
11. عدم بهره برداری از اراضی کشاورزی و بایرماندن عرصه های موصوف
12. ضعف قرنطینه گیاهی در مبادی ورودی و خروجی
13. ضعف استانداردهای ملی باقیمانده سموم در محصولات زراعی و باغی
14. ضعف استانداردهای کنترل کیفی برای فناوری سموم
15. کوچک و نامنظم بودن واحدهای بهره برداری کشاورزی در قطعات متعدد و پراکنده
16. پایین بودن راندمان آبیاری در بخش وسیعی از اراضی آبی و هدر روی آب در بعضی از محصولات
17. بالابودن ضایعات کمی و افت کیفی محصولات باغی در مراحل برداشت تا مصرف
18. منطبق نبودن ظرفیت و ساختار صنایع تبدیلی ، نگهداری و بسته بندی کشور با الزامات تولید محصولات باغی و دام و طیور برای عرضه به بازارهای جهانی
19. وجود نوسانات شدید در بازار محصولات
20. ضعف و کمبود منابع غذای دام
21. نابسامانی بازار و ناکارایی سیاستهای حمایتی از تولید
22. ناکارایی قوانین و مقررات از لحاظ کثرت – ابهامات – قدمت و تعارضات
23. فقدان استانداردهای سنجش و باقیمانده سموم در محصولات کشاورزی تولیدی و وارداتی و تولید کم محصولات ارگانیک
24. کمبود اعتبارات عمرانی
25. ضعف در بیمه محصولات کشاورزی
26. پیروی نکردن از یک الگوی کشت متعارف
27. نامناسب بودن قیمت تضمینی محصولات کشاورزی
28. ریسک بالای سرمایه گذاری و جذب کم سرمایه
29. عدم وجود بازار عرضه و سردرگمی صادرات و واردات محصولات تولیدی